1996: O MAB reabriu suas portas com espaço físico consideravelmente reduzido, em virtude da ocupação do pavimento superior pela 5.ª Superintendência Regional do IPHAN. O acervo existente na instituição, neste momento, também era mínimo em virtude da devolução de vários objetos às instituições de origem. Nessa fase o Museu passou a utilizar apenas o espaço do pavimento térreo, constituído por uma sala de exposição permanente, denominada Memorial, duas salas de exposições temporárias para expressões da cultura afro-brasileira, históricas e contemporâneas, um mini-auditório e uma sala de administração. Do mesmo modo, seu reduzido quadro de pessoal era composto apenas por dois técnicos, funcionários do IPHAN e um estagiário.
2005: Mais uma vez, o MAB foi obrigado a suspender o atendimento ao público por falta de condições de trabalho e de estrutura para desenvolver suas atividades. No entanto, agora a iniciativa partiu da própria administração do Museu, que conseguiu enxergar na dificuldade apresentada uma oportunidade para repensar o conceito da instituição. Criou-se, então, o Seminário O Museu que Nós Queremos com o objetivo de mobilizar os diversos segmentos da sociedade para discutir, conjuntamente, a missão, objetivos e o futuro do MAB. Naquele momento, iniciou-se o primeiro contato direto com a sociedade. Durante a realização do Seminário, foram elaborados dois documentos que apresentaram sugestões e propostas e reafirmaram a necessidade de ocupação física integral do Sobrado Grande da Madalena e estabeleceu-se a criação de um Grupo de Trabalho, denominado GT/MAB, com a participação de diversas instituições culturais e religiosas, técnicos do museu, professores e cidadãos em geral.
O grupo, que contou com a participação de representantes de movimentos sociais, grupos religiosos, técnicos e acadêmicos, além da equipe do museu, tinha como objetivo a produção de um dossiê estabelecendo a missão, os objetivos e o processo necessário para a redefinição do novo Museu da Abolição. Também foram feitas reuniões para refletir sobre o tema da abolição e as expectativas da comunidade afrodescendentes em relação ao Museu. Nos encontros do GT/MAB, buscou-se delinear o início de uma política museológica participativa, por meio das múltiplas visões dos envolvidos sobre o processo histórico abolicionista e suas consequências atuais. O GT/MAB se encontrava semanalmente, de março a julho de 2005 e teve ampla participação da sociedade culminando, como pretendido, com o dossiê sobre o MAB.
2006: O Museu passou a contar com mais um técnico na sua equipe, por meio do concurso público do IPHAN realizado em 2005. Naquele momento, o quadro funcional passou a contar com uma arquiteta, um museólogo, uma socióloga e uma estagiária.
2006: É fundada a Associação de Amigos do Museu da Abolição (AMAB) com vários membros provenientes do GT/MAB, além de representantes de instituições políticas e religiosas, com a finalidade de apoiar as atividades e objetivos do Museu.
2007: Por meio da portaria N.º 42 de 26 de janeiro de 2007, a gestão administrativa, financeira e patrimonial do MAB foi transferida da 5.ª Superintendência Regional para a Administração Central do IPHAN. O Departamento de Museus e Centros Culturais ficou responsável por sua operacionalização.
2007: Pensando na requalificação do museu, a equipe do MAB e outros colaboradores se reuniram para confecção do primeiro Plano Museológico da instituição. Levou-se em consideração o dossiê produzido pelo GT/MAB, as necessidades e demandas antigas, atuais e futuras do museu. Também foram efetuadas quatro pesquisas de opinião, junto à população, o que acrescentou subsídios valiosos aos trabalhos de elaboração do Plano Museológico. Assim, esse documento foi criado em meio a um enriquecedor processo de interação, que contou com a participação de técnicos do Museu, representantes de instituições culturais e religiosas, movimentos sociais e cidadãos interessados.